Modelado de la agregación de la proteína Tau

Abstract

Se realizaron simulaciones de dinámica molecular de grano grueso (CG-MD) utilizando GROMACS 2019.6 y 2024.5, con el objetivo de estudiar la agregación de la proteína intrínsecamente desordenada Tau inducida por ácido araquidónico (AA), empleando el campo de fuerza Martini 3-IDP. Tras la parametrización de Tau y del AA, se diseñaron tres sistemas: dos conformados por tres moléculas de Tau disueltas en agua (60 μM), simulados durante 100 ns y 400 ns, respectivamente, y un tercero con igual cantidad de Tau pero acompañado de AA a una concentración de 150 μM (100 ns). Todos los sistemas se configuraron en una caja cúbica de 44 nm por lado. El análisis se centró en el monitoreo de las distancias entre los centros de masa (COM) de las proteínas. Se encontraron distancias entre 10-20 nm sin el AA, indicando leves acercamientos entre sí. En contraparte, se encontró una distancia de 5 nm en el sistema con AA presente, las cuales se mantuvieron constantes durante toda la simulación, siendo indicios de una agregación. Esto evidencia la influencia del AA en la agregación de las proteínas, pero se necesita correr la simulación a tiempos más largos, para tener resultados concluyentes sobre la naturaleza y grado de agregación.